С инициативой об открытии военного учебного центра выступил ректор БФУ им. И. Канта Александр Федоров в ходе Всероссийской конференции «Военная подготовка студентов — новые возможности и перспективы», которую провели Министр обороны РФ Сергей Шойгу и глава Минобрнауки России Валерий Фальков в апреле 2021 года.

Планируется, что учебный процесс в военном учебном центре стартует в 2022 году по трем программ военной подготовки для старшин (сержантов) и матросов (рядовых). В дальнейшем будет осуществляться подготовка офицеров. Часть практик будет проходить на базе воинских частей и соединений, дислоцируемых в г. Калининграде и его окрестностях, а также на базе партнеров БФУ – Балтийского высшего военно-морское училище им. Ф. Ф. Ушакова, Калининградского Нахимовского военно-морского училища. В год центр будет готовить 108 специалистов в интересах военно-морского флота.